Les Jésuites et Venise ont un lien depuis l’époque de la fondation de leur ordre religieux. Ignace de Loyola était parti de Venise en 1523 sur les vaisseaux de la Sérénissime pour Jérusalem, comme pèlerin solitaire et mendiant, et était revenu à la ville en 1535, où il est resté jusqu’à octobre 1537, quand il a panifié avec ses camarades la fondation de la Compagnie de Jésus, universellement reconnu comme l’ordre des Jésuites.
Plusieurs années après, quand la République de Venise était entrée en conflit avec le Pape, le 6 mai 1606 Paolo V émit un Interdit contre la ville, et elle réagit en ordonnant que tous les prêtres devaient continuer l’exercice des ministères. Naturellement, les Jésuites ne pouvaient pas accepter cet ordre, qui leur aurait opposés au Saint-Siège, et l’11 mai sur quatre vaisseaux ils quittèrent la ville, dont le gouvernement les avait déclarés ennemis de la République, expulsés de tout lieu, avec la note que jamais et en aucun cas ils seraient réadmis. Les Jésuites purent rentrer à Venise en 1656, en s’installant dans l’actuel Campo dei Gesuiti aux Fondamenta Nuove, dans l’ancien et puis élargi couvent de l’ordre supprimé des padri Crociferi, où ils édifièrent le monumental bâtiment du Collegio.
Entre 1710 et 1735, la magnifique église baroque de Santa Maria Assunta ai Gesuiti fut édifiée, sur le projet de l’architecte Domenico Rossi.
Les pères jésuites furent chassés encore en 1773, quand le Pape franciscain Clément XIV supprima la Compagnie de Jésus pour satisfaire politiquement les gouvernements catholiques en Europe. Le bâtiment du Collegio fut utilisé comme école publique et puis comme caserne.
Rétabli l’ordre des Jésuites par le Pape bénédictin Pie VII, élu dans le conclave de Venise dans l’abbaye de S. Giorgio maggiore, les fils de Saint Ignace reprirent possession de leur ordre en 1843. Ils aussi subirent les évènements du Risorgimento italien, qui causa la suppression d’instituts religieux et la confiscation de leur biens (1866). Les Jésuites quatre ans après reprirent leurs activités pastorales, et en 1897 s’installèrent dans la résidence à proximité de l’église.
