Los Jesuitas y Venecia tienen una relación desde hace mucho tiempo, que empieza en la época de la fundación del orden religioso. Es desde Venecia que Ignacio de Loyola en 1523 partió sobre los barcos de la Serenísima hacia Jerusalén como peregrino solitario, y allí volvió en 1535 y vivió hasta 1537, cuando maduró con sus compañeros su proyecto de fundación de la Compañía de Jesús, conocido universalmente como el orden de los Jesuitas.
Muchos años después, estando la Republica de Venecia en conflicto con el Papa, el 6 de mayo 1606 Paolo V pronunció el entredicho contra ella, y la Republica reaccionó ordenando que todos los sacerdotes siguieran desempeñando su ministerio. Naturalmente, los Jesuitas no podían aceptar este orden, que los habría puestos en oposición a la Santa Sede, y el 11 de mayo, sobre cuatro barcos, dejaron la ciudad donde el gobierno los declaró enemigos de la republica y expulsados de cualquier lugar del estado, con la nota que en ningún tiempo y por ninguna razón serian readmitidos. Los Jesuitas pudieron volver a Venecia en 1656, y se establecieron en el actual Campo dei Gesuiti en las Fondamenta Nove, en el antiguo y ampliado convento del orden suprimido de los padri Crociferi, donde construyeron el monumental complejo del Collegio.
Entre 1710 y 1735 fue construida la hermosa iglesia de Santa Maria Assunta ai Gesuiti diseñada por el arquitecto Doménico Rossi.
Los padres jesuitas fueron expulsados y desalojados otra vez en 1773, cuando el Papa franciscano Clemente XIV suprimió la compañía de Jesús para complacer políticamente a los gobiernos católicos en Europa. El edificio del Collegio fue entonces destinado a escuela publica y luego a cuartel.
El orden fue reestablecido por el papa benedictino Pio VII, elegido en el conclave celebrado en Venecia en la basílica de S. Giorgio maggiore, y los hijos de San Ignacio retomaron posesión de su orden en 1843. Ellos también subieron los asuntos desafortunados del Risorgimento italiano, que causó la supresión de institutos religiosos y la confiscación de sus bienes (1866). Los jesuitas, después de cuatro años, volvieron a sus actividades pastorales, y en 1897 se establecieron en la actual residencia cerca de la iglesia.
